Auch die kleinen, höhlenartigen Schleimhauttaschen der Linea dentata, die sogenannten Analkrypten, können sich vergrößern und entzünden. Sie befinden sich in ungefähr drei bis fünf Zentimeter Tiefe im Analkanal und bilden zusammen mit ihrem »Gegenstück«, den Analpapillen, die Linea dentata, also die Grenzlinie zwischen After und Mastdarm. Häufig sind auch die Papillen mit entzündet.
Die Entzündung macht sich vor allem nach dem Stuhlgang in Form eines lang anhaltenden Schmerzes bemerkbar. Blutungen sind äußerst selten. Ein Druckgefühl und Nässen am Afterausgang sind weitere Anzeichen. Entzündete Analkrypten sind oft Ausgangspunkte von Analabszessen bzw. –fisteln.